โรงเรียนจะมีคุณภาพได้ส่วนหนึ่งมาจากผู้บริหารโรงเรียน ซึ่งโรงเรียนวัดบางบอน (พิมพ์ จันแต้อุปถัมภ์) ตั้งแต่เปิดทำการสอนจนถึงปัจจุบันมีผู้บริหารโรงเรียนจำนวน 18 คน ดังนี้
| 1 |
นายเสริม |
ทรัพย์พันธ์ |
พ.ศ. 2475 2477 |
| 2 |
นายแสวง |
ขันธ์มั่น |
พ.ศ. 2478 2481 |
| 3 |
นายศรีสวัสดิ์ |
ฉันนะโสต |
พ.ศ. 2482 2485 |
| 4 |
นายวิวัฒน์ |
โสภา |
พ.ศ. 2485 2487 |
| 5 |
นายไพฑูรย์ |
มงคลประสิทธิ์ |
พ.ศ. 2487 2492 |
| 6 |
นายเสนาะ |
พันธุ์มงคล |
พ.ศ. 2492 2501 |
| 7 |
นายสนั่น |
รักษาสุข |
พ.ศ. 2501 2518 |
| 8 |
นายสวัสดิ์ |
อ้นใจกล้า |
พ.ศ. 2518 2521 |
| 9 |
นายโกมินทร์ |
สังคะนอง |
พ.ศ. 2521 2525 |
| 10 |
นางเสาวภา |
วัจจนะรัตน์ |
พ.ศ. 2525 2529 |
| 11 |
นางประจัตรา |
สุขสิริ |
พ.ศ. 2529 2531 |
| 12 |
นายชั้น |
จันทร์หอม |
พ.ศ. 2531 2532 |
| 13 |
นายธนะชัย |
ทองเนียม |
พ.ศ. 2532 2541 |
| 14 |
นายสำราญ |
นาคศรี |
พ.ศ. 2541 2544 |
| 15 |
นายพิสิทธิ์ |
ทรัพย์ยิ่ง |
พ.ศ. 2544 2545 |
| 16 |
นายสุรินทร์ |
บู่สาลี |
พ.ศ. 2545 2546 |
17 |
นางสุพรรณี |
เมนะเนตร |
พ.ศ.2547-2548 |
18 |
นางอุทิศ |
จัดประจง |
พ.ศ.2548-2550 |
19 |
นายสุธีร์ |
วรรัตน์ |
พ.ศ.2550-ปัจจุบัน |
คณะผู้บริหารโรงเรียนทุกคนได้พัฒนาโรงเรียนวัดบางบอน (พิมพ์ จันแต้อุปถัมภ์) จนได้รับการยอมรับจากชุมชนทั่วไป นำบุตรหลานมาเข้าเรียนเป็นจำนวนมาก ทำให้โรงเรียนเติบโตอย่างรวดเร็วเป็นโรงเรียนใหญ่อันดับที่สองของสำนักงานเขตบางบอน